禅寺始建于南朝梁代梁武帝萧衍天监(公元502年－519年)年间，南宋时，宋徽宗赵佶宣和(公元1119年－1125年)年间更名为神霄宫，后又复改为报恩寺，由丞相李纲书寺名匾额。
臭名昭著的南宋宰相秦桧的弟兄秦梓隐居溧阳报恩寺旁，于是报恩寺也别称秦公寺，进士出身的秦梓长子秦火育作了《报恩禅寺碑记》，可惜碑记未能流传下来。
报恩寺自南朝梁天监年间始建至今已历约1500年，移至今溧城城外黄家村也历900余年，尽管迭遭兵燹后屡毁屡建之举，仍可谓是一座历史悠久的古刹。
新旧两寺重建于1994年，新寺占地面积33350平方米。新寺留有文物石乌龟，石乌龟是用作碑座之物。因上面已无碑石，故不知何年何月遗留文物，现移置于天目湖区报恩寺内，今载《重修报恩寺记》。
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