禪寺始建于南朝梁代梁武帝蕭衍天監(公元502年－519年)年間，南宋時，宋徽宗趙佶宣和(公元1119年－1125年)年間更名為神霄宮，后又復改為報恩寺，由丞相李綱書寺名匾額。
臭名昭著的南宋宰相秦檜的弟兄秦梓隱居溧陽報恩寺旁，于是報恩寺也別稱秦公寺，進士出身的秦梓長子秦火育作了《報恩禪寺碑記》，可惜碑記未能流傳下來。
報恩寺自南朝梁天監年間始建至今已歷約1500年，移至今溧城城外黃家村也歷900余年，盡管迭遭兵燹后屢毀屢建之舉，仍可謂是一座歷史悠久的古剎。
新舊兩寺重建于1994年，新寺占地面積33350平方米。新寺留有文物石烏龜，石烏龜是用作碑座之物。因上面已無碑石，故不知何年何月遺留文物，現移置于天目湖區報恩寺內，今載《重修報恩寺記》。
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